期刊返修交清稿还是标记稿，以编辑通知和投稿系统要求为准。两种稿件应有同一份修改后的正文，区别在改动如何呈现。
先确认实际交付要求与有效版本，再执行下面的步骤。
先按编辑原话决定交付组合
把编辑邮件、系统的文件类型选项和当前期刊指南一起打开。要核对的不是是否出现“修订稿”三个字，而是提交项是否分别要求清稿、带标记稿和回复说明，标记方式有没有指定，以及是否需要匿名。若只要求一种正文，不自行把另一种稿上传到正文栏目；如果邮件和系统字段含义不一致，保留原通知并确认用途。稿件命名可以清楚标出用途和轮次，但文件名不能代替检查文件里面是什么。
两份稿共用一份内容底稿
保留上次实际提交的原件，再另存一份已经由作者确认本轮修改内容的主稿。逐条审稿意见确认采用、部分采用或未采用，以及实际修改位置。先把学术内容修对，再派生清稿和标记稿。不要在清稿里继续补内容、在标记稿里另外改句子，否则编辑看到的对照可能并非作者实际准备发表的正文。涉及图表替换、文献更新或附录新增时，也让两份稿指向同一轮的对应材料。
什么时候用修订，什么时候用比较
从修改开始就在同一个文件内记录，而且编辑认可这种标记方式，可沿用有效的修订轨迹；已有两份不同版本、未保留全过程时，则可用文档比较。微软官方说明，Word 的比较功能可以对两份文档比较并在第三份文档显示变化。操作前选对原稿与修改稿，保留源文件，并核对当前版本的比较选项。如果原稿本身含尚未处理的修订，先确定应该以哪个阅读状态作为对照基线；遇到大量由样式变化引起的差异，按编辑要求和可读性判断是否需要纳入，而不是直接删除内容改动。
把批注改稿与文件标记分开验收
在畅笔AI论文的改稿环节，可以把每条审稿意见、作者确认的处理决定和相邻上下文放在一起，先改需要解释或衔接的段落。给出明确边界：数据和结论以已核准材料为准，暂未决定的问题留待作者处理。输出回填到同一份主稿后，再去文档编辑器做标记。这个分工让每处修改既能回应审稿意见，又能追踪到最终段落；不需要把改稿功能说成已经验证能保存原生修订历史。排版功能可在内容稳定后用于整理文档，但导出的清稿和标记稿仍需分别打开检查。
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交稿前做一次交叉验收
打开清稿，以读者看到的最终正文为准，检查没有不该出现的批注与未处置标记。打开标记稿，至少各查一次真实新增、删减和替换，确认编辑能识别变化，且对照的修改后内容与清稿相同。最后对照回复信的节名、段落或页码，不能沿用旧版定位。双盲要求下，还要按编辑指示查看可见作者信息、文档属性及修订身份；不要在没确认要求前直接清除全部标记。最终把文件和对应的系统提交槽位一并记入清单。
标记稿的比较范围要与回复信一致
如果审稿意见只涉及方法解释，但作者同时更新了参考文献和附录，不应让回复信看起来只改了一处。先把受影响的正文、图表及补充材料分别记录，判断哪些需要在主文档中可见、哪些按系统要求作为独立文件提交。比较文档不能自动替你说明附件变化；提交附件前也应对照文件版本和正文指向，避免标记稿已经换了表号，清稿引用的附件仍是上一轮。
只有清稿要求时，也保留内部对照
编辑没有要求上传标记稿，不代表团队无需留存变更依据。可以在内部保留一份旧稿与本轮主稿的差异和逐条回应，供合作者复核。最终清稿只放该交付件应有的内容，不把给内部核对用的备注或匿名之外的身份字段一并导出。之后如补要求标记版本，可以从这两份已确认的稿件重新生成，而不是从合作者各自保存的文件拼接。
遇到版面变化先检查内容再处理噪声
如果比较结果几乎每页都标记，先检查选对了版本没有，以及前后是否使用不同模板。大量分页变化可能来自重排，不等于所有段落都被重写。可以先在副本里确定最适合核查内容的比较设置，再按编辑要求交付清晰标记；涉及实际更改的标题、公式或图表说明，不应因为想减少标记而隐藏。准备另交 PDF 时，还要确认转换后需要显示的变化没有消失。
把文件槽位也当成验收对象
上传前留一张对照清单：哪份文件对应主文稿、哪份对应供编辑比较的稿件、哪份对应逐条回应。提交页面提供预览时，再打开实际上传版本，避免本地打开正确文件，系统里却仍挂旧附件。未提交前发现某处漏改，应先修正唯一主稿，再重新生成受影响的交付件。不要只在系统里的清稿上临时补字，留下彼此不一致的版本。
结语
清稿与标记稿按编辑要求提交，二者共用同一份修改后内容。先用畅笔AI论文处理已确认的返修段落，再在编辑器生成规定的文件，最后连同回复信一起验收。
